Si è diplomato in composizione con Pietro Rigacci ed è stato assistente di Alvin Curran in Crystal Psalms e Tufo Muto. Ha suonato in diversi paesi europei con il "Trio Chitarristico Lucchese" e nel 1997 ha avviato una collaborazione con il coreografo Roberto Castello. Si definisce un “autore” che usa suoni e immagini per creare metafore. Più che al mondo della musica contemporanea, si sente vicino al cinema e alla radio, al teatro e alla canzone d'autore. É partito da Bob Dylan e dai Pink Floyd (da bambino) e attraverso i Genesis e i Van Der Graaf è approdato a Brian Eno, Cage e Alvin Curran. É affascinato e studia le voci e i volti delle persone, i paesaggi, i linguaggi e le lingue, i bambini e i vecchietti, l'universo femminile e gli australopitechi.
Ama Stravinski quasi quanto David Sylvian. Kubrick è il suo artista ideale. Diversi sono stati gli incontri importanti nella sua carriera, fra i quali il Teatro Del Carretto all'età di 18 anni, Alvin Curran (di cui è stato assistente) all'età di 24, sua moglie all'età di 28, Roberto Castello nel 1997. Ma prima ancora, quando il padre lo portò (a 13 anni) a vedere 2001 Odissea nello Spazio al cinema. Infine Le Cirque Imaginaire, un concerto dei Penguin Cafe Orchestra a Perugia, C'era una Volta il West da bambino ecc. Ha presentato le sue opere in numerosi festival, soprattutto esteri, e molti dei suoi lavori sono stati prodotti per e in collaborazione con importanti radio italiane ed estere. Nel 2006 ha realizzato a Taiwan Chiayi Simphony, un film/reportage strutturato in chiave sonora e astratta. Del 2007 è Geologica, del quale lo stesso Giannotti dice: «Ho immaginato una Parigi nel 50050 a.C. popolata da Neanderthals e Homo Sapiens che chiacchierano amabilmente in un bar dell'epoca (distruggono il locale): il cameriere si rivela essere un australopiteco kamikaze che fattosi saltare in aria distrugge tutto e dà inoltre origine al big-bang; l'universo si espande e si ripercorrono le varie ere geologiche con quintali di meteoriti (sternuti e tosse) dinosauri (forbici e spillatrici) e pezzi della torre Eiffel (ferraglia strofinata a terra) che volteggiano nel vuoto cosmico. L'australopiteco è sempre presente nei momenti cruciali (mentre Adamo o Eva mangiano la mela, respinto dall'Arca di Noe, alla capanna di Gesù) e ritorna trasformato in toro ad una corrida nella Siviglia del 50050 a.C.»
Stefano Giannotti ha collaborato con Aldes di Roberto Castello e Alessandra Moretti sia in anni passati che nell'ultima produzione, componendo musiche originali.
Secondo lui, Rizoma potrà essere un momento in cui fare trascendere le discipline di ognuno in qualcosa di collettivo.